ANALISIS POPULASI IKAN BAWAL HITAM (Parastromateus niger Bloch, 1795) BERDASARKAN KERAGAMAN DAN JARAK GENETIK DI WPPNRI 718
Abstract
Ikan bawal hitam (Parastromateus niger) merupakan ikan demersal yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Permintaan pasar ikan bawal hitam sebagai ikan konsumsi yang terjadi secara kontinyu menyebabkan peningkatan intensitas penangkapan di alam. Kondisi ini menyebabkan jumlah dan ukuran ikan bawal hitam di alam mengalami penurunan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui struktur populasi, mencakup keragaman dan jarak genetic dan dugaan pohon filogeni ikan bawal hitam (Parastromateus niger) di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia (WPPNRI) 718. Penelitian dilakukan pada bulan Maret sampai Mei 2022. Sampel ikan bawal hitam berasal dari ikan tangkapan di Laut Aru, Laut Arafuru, dan Laut Timor. Penelitian ini dilakukan melalui metode Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) untuk menganalisis keragaman dan jarak genetik ikan bawal hitam dengan menggunakan tiga primer yaitu OPA-8, OPA-9, dan OPA-10. Data di analisis menggunakan software DARwin 6.0. Hasil menunjukkan ada variasi genetik antar populasi; analisis dendogram memperlihatkan diperoleh dua sub populasi ikan bawal hitam baik berdasarkan ukuran maupun lokasi. Dapat dibedakan kelompok ukuran ikan bawal berukuran kecil yang terpisah dari kelompok berukuran sedang dan besar; sedang beradasarkan lokasi pengambilan sampel terlihat sub populasi Laut Aru terpisah dengan subpopulasi Laut Arafuru dan Laut Timor yang mengelompok. Berdasarkan dendogram bahwa sub populasi dengan karakteristik yang sama dikelola dengan model yang sama dan yang memiliki karakteristik berbeda dikelola secara terpisah.
Black pomfret fish (Parastromateus niger) is a demersal fish that has high economic value. The market demand for black pomfret fish as a consumption fish that occurs continuously causes an increase in the intensity of fishing in nature. This condition causes the number and size of black pomfret fish in nature to decrease. This study aims to determine the genetic diversity and distance of the black pomfret fish (Parastromateus niger) population in the State Fisheries Management Area of the Republic of Indonesia (WPPNRI) 718. The time of the study was carried out from March to May 2022. The black pomfret fish sample came from the Aru Sea population, the Sea Arafuru, and the East Timor Sea which landed at the Nizam Zachman Ocean Fishing Port, North Jakarta. This study used the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) method to analyze the genetic diversity and distance of black pomfret fish using three primers, namely OPA-8, OPA-9, and OPA-10. The data were analyzed using DARwin 6.0 software and the results showed genetic variation between populations. The results of the dendogram analysis showed that there were two sub-populations of black pomfret fish based on size, namely the small pomfret sub-population and the medium and large-sized sub-population. Likewise, two sub-populations were obtained based on the sampling location, namely the Aru Sea sub-population with the Arafuru Sea and the Timor Sea sub-population. Based on the dendogram, sub-populations with the same characteristics are managed using the same model and those with different characteristics are managed separately.
Keywords
Full Text:
PDFReferences
Anggreni E. 2008. Random Amplified Polymorpich DNA (RAPD) dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena Biologi. Biospecies. 1(2): 73-76.
Ardiana, S.A., Astrini, I.A., Putra, I.N.G., Pertiwi, P.D., Sembiring, A., Yusmalinda ,A., & Malik, D.A. (2021). Keragaman genetik dan Filogenetik Longtail Tuna (Thunnus tonggol) yang Didaratkan di Pasar Ikan Pabean Surabaya. Jurnal Faculty of Agriculture. 3(2): 107-115.
Artati D. 2013. Sensitivitas Gel Red Sebagai Pewarna DNA pada Gel Elektroforesis. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur. 11: 11-14.
Asphama, A,I. (2014). Analisis Keragaman Genetik Spesies Kompleks Portunus pelagicus (Linnaeus, 1758) di Perairan Barru Berdasarkan Karakter Morfologi dan DNA. [Tesis]. Makassar: Universitas Hasanuddin Makassar.
Budi, S,M,S,, Harianti, J.H., & Haryanti. (2015). Variasi Genetik Ikan Kerapu Sunu Plectropumus leopardus F-0 Hingga F-3 berdasarkan Marka Mikrosatelit. Jurnal Riset Aquaqulture. 10 (3): 305-311.
Dianne, J.B. (2022). Parastromateus niger in Fishes of Australia. https://fishesofaustralia.net.au/home/species/4279 diakses 03 april 2022.
Food Agriculture Organization. (2021). Aquatic species. http://www.fao.org/fishery/species/3127/en
Froese R. & Daniel, P. (2013). Fishbase. World Wide Web Electronic Publication. http://www.fishbase.org/CountrySpeciecesSummary.php?c_code=356&id=1947
Froese, R. & Daniel,. P. (2022). FishBase. Parastromateus niger (Bloch, 1795). Accessed through: World Register of Marine Species at: https://www.marinespecies.org/aphia. php? p=taxdetails&id=218431 on 2022-11-03
Hobbs, J.P., Lynne, V.H., Dean, R.J., Geoffrey, P.J., & Philip. (2013). High Genetic Diversity in Geographically Remove Populations of Endemic and Widespread Coral Reef Angelfish Diversity. 5: 39-50.
Hoese, D.F., Bray, D.J., Paxton, J.R., Allen, G.R. (2006). Zoological Catalogue of Australia. 35 (3): 1-2178.
Irmawati, Siang, B.P., Citra, A.M., Baharuddin, M., & Halimah, S.L. (2021). Keragaman Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch, 1790) Tipe Liar dan Domestikasi menggunakan Metode Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Journal of fisheries and Marine Research. 5 (1): 99-105.
Kantun, W., & Mallawa A. (2018). Biologi Tuna Madidihang: Thunnus albacares (p.226) Gadjah Mada University Press: Yogyakarta.
Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 19 Tahun (2022). Estimasi potensi sumber daya ikan, jumlah tangkapan ikan yang diperbolehkan, dan tingkat pemanfaatan sumber daya ikan di Wilayah Pengelolaan Perikanan Negara Republik Indonesia. 7 hal.
Kementerian Kelautan dan Perikanan, (2016). Potensi Sumber Daya Kelautan dan Perikanan WPPNRI 718. Badan Penelitian dan Pengembangan Kelautan dan Perikanan. 182 Hal.
Lante, S., Tenriulo, A., & Palinggi, N.N. (2012). Variasi Genetik Ikan Baronang (Siganus gutatus) Asal Perairan Barru, Lampung, dan Sorong Menggunakan Penanda RAPD (Randomly Amplified Polymorfism DNA). Jurnal Riset Akuakultur. 7 (2): 195-204.
Leatemia, S.O.P., Manumpil, A.W., Saleky, D., & Dailami, M. (2018). DNA Barcode dan Molekuler Filogeni Turbo sp di Perairan. Prosiding Seminar Nasional MIPA UNIPA ke 03. 3:103-114.
Liu, J., Gao, T., Wu, S., & Zhang, Y. (2007). Pleistocene Isolation in the Northwestern Pacific Marginal Seas and Limited Dispersal in a Marine Fish, Chelon Haematocheilus (Temminck & Schlegel, 1845). Molecular Ecology Journal. 16: 275-288.
Li, Y., Zhang, Y., Lin, L., Gao, T., &Liu, L. (2017). New Genetic Persectiver of the Ambigous Pomfret as Revealed by CR Sequences. Launched to Accelerate Biodiversitas Research. 718: 59-73.
Nei, M., & Tajima, F. 1981. DNA Polymorphism Detectable by Restriction Endonucleases. Genetic. 97: 145-163.
Nugraha, B., Novianto, D., & Barata, A. (2011). Keragaman Genetik Tuna Mata Besar (Thunnus obesus) di Samudera Hindia. Journal Lit. Perikanan. 17(4): 227-284.
Pati, S., (1983). Growth changes in relation of food habits of silver pomfret, Pampus argenteus. The Indian journal of Animal Sciences, 53, 53-56.
Pharmawati, M. (2009). Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi. 13(1): 12 -16.
OPTIMIZATION OF DNA EXTRACTION AND PCR-RAPD CONDITION OF Grevillea spp. (PROTEACEAE)
Prasetyo, G.W., Mochammad, R., & Ronny, I.W. (2020). Distribusi ukuran dan hubungan panjang-berat ikan bawal (Pomfret Fish) yang tertangkap pada drift gillnet di perairan paloh, Kalimantan Barat. Jurnal Enggano. 5 (3): 334-349.
Rachma, H., Abdul, G.& Suradi, W.S. (2015). Studi Beberapa Aspek biologi ikan Bawal Hitam (Parastromateus niger) yang tertangkap payang di Kabupaten Kendal. Diponegoro Journal of Maquares. 4 (4): 1-9.
Saleky, D., & Dailami, M. (2021). Konservasi Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarief, Bloch 1790) melalui Pendekatan DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik di Sungai Kumbe Merauke Papua. Jurnal Kelautan Tropis. 24(2): 141-150.
Saleky, D., Setyobudiandi, I., Toha, A.H.A., Takdir, M., & Madduppa. H. (2016). Length-weight relationship and population genetic of two marine gastropods species (Turbinidae: Turbo sparverius and Turbo bruneus) in the Bird Seascape Papua, Indonesia. Biodiversitas, Journal of Biological Diversity. 17(1):208–217.
Shamsudheen, S., Ramachandran, A., Deepak, J., & Harikrishnan, M. (2019). DNA Bercoding Confirms Species Substitution of Parastromateus niger (Black Pomfret) Using Exotic Species Piaractus brachypomus (Red Bellied Pacu). International Journal of Fisheries and Aquatic Studies. 7 (4):314-320.
Sharifi, M., Sourinejad, I., Hoseyni, S.J., Qasemi, S.A., & Faghih, A. (2012). Genetic diversity of Black Pomfret (Parastromateus niger) in Iranian coasts of Persian Gulf using AFLP molecular marker. Journal of Aquatic Ecology. 2(2):81-68.
Sharifi, M., Sourinejad, I., Hosseini, S.J., & Qasemi, S.A. (2015). Application of AFLP molecular marker for genetic analysis of black pomfret Parastromateus niger from the Persian Gulf. Iranian Journal of Fisheries Sciences. 14 (4): 857-875.
Simatupang, N.F. (2012). Karakterisasi Ragam Genetik Ikan Sepat (Trichogaster pectoralis) Berdasarkan Analisis RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan Morfometrik”. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor.
Sriwidodo, D.W.E., Budiharjo, A., & Sugiyarto. (2013). Keanekaragaman jenis ikan di kawasan inlet dan outlet Waduk Gajah Mungkur Wonogiri. Bioteknologi. 10 (2): 43-50.
Sundari, S & Bambang, P. (2019). Teknik Isolasi Dan Elektroforesis DNA Ikan Tapah. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 17 (2): 87-90.
Tao, Y., Mingru, C., Jianguo, D., Zhenbin, L., &Shengyun, Y.(2012). Age and growth changes and population dynamics of the black pomfret (Parastromateus niger) and the frigatetuna (Auxis thazard thazard), in the Taiwan Strait. LatinAmerican Journal of Aquatic Research. 40(3):649-656.
Tan, H.H. (2009). Observation the Black Pomfret, Parastromateus niger (Telesostei: Percimorfes: Carangidae). Nature in Singapure. 2:167-169.
Triana, H.S., Mahir, S., Gani, &Malina, A.C. (2014). Analisis Keragaman Genetik pada Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus) yang Tahan Terhadap Penyakit yang Disebabkan oleh Bakteri Vibrio alginolyticus. Jurnal Kelautan dan Perikanan. 24(2): 37-47.
Wahyuni, T,T,, & Zakaria, A. (2018). Keanekaragaman Ikan di Sungai Luk Ulo Kabupaten Kebumen. Biosfera 35(1): 23 – 28.
Zamroni, A., Suwarso, Kuswoyo, A. (2017). Variasi Genetik Ikan Banyar, Rastrelliger kanaguarta (Cuvier, 1817) di Perairan Indonesia Timur. 9 (2): 123-131.
Zhao, F., Dong, Y., Zhuang, P., Zhang, T., Zhang, L. a & Shi, Z. (2011). Genetic diversity of silver pomfret (Pampus argenteus) in the Southern Yellow and East China Seas. Biochemical Systematics and Ecology, 39, 145-150.
DOI: http://dx.doi.org/10.15578/bawal.14.3.2022.149-159
Bawal Widya Riset Perikanan Tangkap is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
View My Stats
p-ISSN 1907-8226
e-ISSN 2502-6410
