UJI KINERJA ALAT THERMALCYCLER DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION PADA IDENTIFIKASI KOI HERPES VIRUS PADA IKAN MAS, Cyprinus carpio

Abstract

Polymerase chain reaction (PCR) adalah metode untuk amplifikasi (perbanyakan) primer oligonukleotida secara enzimatik berdasarkan urutan DNA spesifik. Teknik ini mampu memperbanyak sebuah urutan 105-106 kali lipat dari jumlah nanogram DNA template. Tujuan dari kegiatan ini adalah untuk mengetahui apakah alat thermal cycler tersebut dapat digunakan dengan baik untuk memperoleh hasil yang valid dalam melakukan pengujian deteksi KHV. Deteksi virus KHV dilakukan pada genom DNA hasil ekstraksi yang diamplifikasi dengan menggunakan Maxima hot start green PCR master mix dan diamplifikasi dengan thermal cycler PCR (Bio Rad). Primer yang digunakan adalah F:5’ –GAC ACC ACA TCT GCA AGG AG-3’ dan R:5’ –GAC ACA TGT TAC AAT GGT CGC-3’ dengan ukuran fragmen 290 bp. Uji kinerja pada alat thermal cycler (Bio Rad) menunjukkan performa hasil yang baik. Hasil visualisasi fragmen DNA KHV pada keseluruhan well teramplifikasi sempurna.