SENSITIVITAS GEL RED SEBAGAI PEWARNA DNA PADA GEL ELEKTROFORESIS

Abstract

Hasil dari analisis DNA dapat dimonitor melalui proses elektroforesis. Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan atas ukuran berat molekul dan struktur fisik molekulnya. Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anoda). Visualisasi DNA dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet setelah terlebih dahulu gel dalam pembuatannya ditambahkan pewarna. Pewarna yang biasa digunakan adalah ethidium bromide (EB). EB bersifat karsinogenik dan mutagenik. Kesadaran mengenai keamanan, telah mendorong pemilihan bahan yang aman dan ramah bagi personal laboratorium dan lingkungan. Pada kegiatan di bidang biologi molekuler sekarang tersedia alternatif pengganti ethidium bromide (EB) yang diklaim lebih aman, salah satunya yaitu gel red. Penggunaan gel red (stok 10.000x in water) pada larutan gel agarosa yang direkomendasikan dari produk adalah 1:104. Pada kegiatan percobaan ini dilakukan elektroforesis gel dengan tingkat perbandingan gel red yang berbeda-beda yaitu 1:104, 1:1,5x104, 1:3x104, dan 1:6x104. Tujuan dari kegiatan ini adalah untuk mengetahui tingkat sensitivitas gel red sebagai pewarna DNA pada gel elektroforesis. Hasil elektroforesis menunjukkan penggunaan gel red pada larutan gel agarosa sebesar 1:6x104 masih bisa memvisualisasikan hasil PCR dengan baik.