PENENTUAN KONSENTRASI MINIMAL DNA UNTUK MENDETEKSI KOI HERPES VIRUS (KHV) DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Abstract

Koi herpes virus (KHV) adalah virus yang menginfeksi ikan mas dan koi yang dapat menyebabkan kematian massal. Kerugian ekonomi yang diakibatkan kematian massal ikan dapat dihindari apabila serangan KHV dapat dideteksi sedini mungkin. Metode deteksi KHV dilakukan dengan mengikuti prosedur yang tertuang dalam SNI 7547:2009. Salah satu metode deteksi cepat koi herpes virus adalah dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Keberhasilan analisis PCR sangat dipengaruhi oleh beberapa faktor, di antaranya adalah karakteristik DNA genom yang meliputi ke-murnian, konsentrasi, dan ukuran template. Konsentrasi dan kualitas DNA dipengaruhi oleh keberhasilan pada saat melakukan ekstraksi DNA. Kegiatan percobaan ini ber-tujuan untuk mengetahui konsentrasi minimal yang masih terdeteksi dengan metode PCR. Pengukuran konsentrasi minimal dilakukan dengan menguji sampel DNA genom yang konsentrasinya diencerkan secara bertingkat, mulai dari 10-1, 10-2, 10-3, 10-4 sampai dengan 10-5. Hasil analisis PCR menunjukkan konsentrasi DNA minimal yang masih dapat mendeteksi virus KHV adalah 10-3 (0,15 µg/mL).