PENERAPAN TEKNIK ANALISIS DNA DENGAN PCR-SSCP (Single-Strand Conformation Polymorphism ) PADA UDANG WINDU, Penaeus monodon

Abstract

SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) merupakan suatu metode analisis molekuler yang bertujuan untuk melihat perbedaan jumlah basa antar fragmen, dengan menggunakan gel poliakrilamid, yang masing-masing dapat memisahkan 6-8 basa Template DNA pada poliakrilamid gel di fragmentasi dengan elektroforesis terkontrol yang disebut GenePhor. GenePhor merupakan horizontal elektroforesis kering, dengan suhu yang dapat diatur sedemikian rupa, sehingga dapat memisahkan DNA pada tegangan tinggi tanpa menimbulkan panas yang berlebihan pada poliakrilamid gel. Metode staining menggunakan silver staining kit. Hasil dari SSCP sangat dipengaruhi dan ditentukan oleh konsentrasi DNA sampel serta proses ekstraksi, amplifikasi, purifikasi dan restriksi, dan optimasi dalam pelaksanaan staining. Teknik ini merupakan salah satu teknik analisis polimorfisme dan banyak diterapkan pada bidang akuakultur (ikan, udang) untuk genotyping dengan hasil cukup akurat.