EKSTRAKSI DNA RUMPUT LAUT Kappaphycus alvarezii DENGAN METODE Cetyl trimetyl ammonium BromideC (CTAB)

Abstract

Ekstraksi DNA pada rumput laut masih mengalami banyak kendala dikarenakan rumput laut adalah jenis tumbuhan yang memiliki jaringan selulosa. Metode ekstraksi dengan Cetyl Trimetyl Ammonium Bromidec (CTAB) menjadi salah satu teknik untuk mempermudah dalam mendapatkan DNA makroalga khususnya untuk spesies Kappaphycus alvarezii. Tujuan dari kegiatan ini adalah penerapan teknik preservasi sampel dan ektraksi DNA K. alvarezii dengan metode CTAB. Sampel K. alvarezii diambil dari 17 (tujuh belas) sentra budidaya rumput laut yang tersebar di perairan yaitu Bantaeng, Pangkep, Palopo (Sulawesi Selatan), Gorontalo, Manado (Sulawesi Utara), Lombok dan Sumbawa (NTB), Banten, Nunukan dan Bontang (Kalimantan Utara), Buton Tengah (Sulawesi Tengah), Saumlaki, Tual (Maluku Tenggara), Maumere (NTT), Halmahera Barat (Maluku Utara), Mamuju (Sulawesi Barat), dan Lampung. Tahap awal ekstraksi adalah melakukan preservasi sampel dengan mengambil bagian ujung talus muda K. alvarezii dan disimpan dengan silica gel dalam ziplock. Tahap selanjutnya sampel diekstraksi dengan Cetyl Trimetyl Ammonium Bromidec (CTAB) dengan inkubasi 55-60oC selama 60 menit. Indikator keberhasilan hasil ekstraksi adalah terdapatnya pelet DNA K. alvarezii yang berwarna putih dan bersih dari kontaminan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa penggunaan silica gel dalam tahap preservasi rumput laut K. alvarezii mampu menjaga kualitas sampel uji, Metode CTAB dapat diterapkan untuk ekstraksi DNA tumbuhan tingkat rendah seperti pada rumput laut K. alvarezii dengan hasil pelet DNA yang berwarna putih, bersih, dan lebih murni.