HUBUNGAN KEKERABATAN BEBERAPA POPULASI KERANG HIJAU (Perna viridis) DI INDONESIA BERDASARKAN SEKUEN CYTROCROME B mtDNA

Achmad Sudradjat, Eni Kusrini

Abstract


Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan stok kerang hijau (Perna viridis) di beberapa perairan Indonesia sebagai informasi dasar bagi program pemuliaan. Sampel kerang hijau yang berasal dari populasi alam perairan Tanjung Kait, Kamal, Panimbang, Cirebon, Pasuruan, Kenjeran, dan Pangkep diambil secara acak. Amplifikasi PCR dan sekuensing mitokondria daerah cytochrome B adalah HCO (F): 5’-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3’ (26 bp) dan LCO (R): 5’-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3’ (25 bp). Sekuen DNA yang diperoleh digunakan untuk analisis homologi, analisis genetic distance dan analisis kekerabatan. Hasil analisis homologi susunan nukleotida berdasarkan BLAST-N terhadap sekuen mtDNA Perna viridis yang tersimpan di Genebank menunjukkan similaritas 97%. Hasil analisis didapatkan jarak genetik yang terdekat adalah populasi Tanjung Kait dengan Kenjeran sedangkan jarak genetik terjauh adalah populasi Cirebon dengan Kamal. Hubungan kekerabatan yang ditunjukkan dengan dendrogram diperoleh 2 kelompok yaitu 6 populasi membentuk satu kelompok dan populasi Cirebon membentuk kluster tersendiri. Sekuens tersebut mungkin dapat digunakan sebagai penanda dalam program breeding kerang hijau di Indonesia

Keywords


kerang hijau; kekerabatan; populasi; sekuen; jarak genetik

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.15578/jra.5.1.2010.155-164


Lisensi Creative Commons
Jurnal Riset Akuakultur is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

View My Stats
p-ISSN 1907-6754
e-ISSN 2502-6534


Find in a library with WorldCatCrossref logoSHERPA/RoMEO LogoHasil gambar untuk isjdgoogle scholardoaj