KLONING PROMOTER b-AKTIN DARI IKAN GURAMI (Osphronemus gouramy)

Estu Nugroho, Alimuddin Alimuddin, Anang Hari Kristanto, Odang Carman

Abstract


Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi promoter b-aktin (ggBA) dari ikan gurami (Osphronemus gouramy). Sekuens promoter ggBA diisolasi menggunakan metode “degenerate” PCR. Sekuensing dilakukan menggunakan mesin ABI PRISM 3100-Avant. Analisis sekuens menggunakan program BLAST, GENETYX versi 7 dan TFBind. Panjang sekuens DNA hasil kloning adalah sekitar 2,2 kb. Analisis BLAST menunjukkan bahwa sekuens DNA hasil kloning memiliki kemiripan dengan sekuens gen b-aktin ikan yang ada di Bank Gen. Sekuens hasil kloning memiliki faktor transkripsi yang konserf untuk promoter b-aktin, yaitu: CCAAT, CC(A/T)6GG, dan boks TATA. Posisi faktor transkripsi tersebut juga mirip dengan yang dimiliki oleh promoter b-aktin dari ikan yang ada di Bank Gen. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa fragmen DNA hasil amplifikasi PCR tersebut merupakan sekuens promoter b-aktin ikan gurami.

The research was aimed to isolate b-actin promoter of gouramy (ggBA). Sequence of ggBA promoter was isolated using “degenerate” PCR. Sequencing was conducted using ABI PRISM 3100-Avant machine. The sequencing analysis was done using BLAST, GENETYX ver 7 and TFBind programs. The sequencing length of DNA clone result was around 2.2 kb. BLAST analysis showed that sequences from cloned DNA had the resemblence to those of b-actin sequences in GenBank database. The cloned sequences had transcript factors which followed b-actin promoter namely CCAAT, CC(A/T)6GG and TATA box.


Keywords


kloning; promoter b-aktin; gurami; degenerate PCR

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.15578/jra.4.1.2009.23-31


Lisensi Creative Commons
Jurnal Riset Akuakultur is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

View My Stats
p-ISSN 1907-6754
e-ISSN 2502-6534


Find in a library with WorldCatCrossref logoHasil gambar untuk isjdlogo ROAD