PERBANDINGAN PENGGUNAAN BERBAGAI PRESERVASI RNA JARINGAN DENGAN RNA LATER, ALKOHOL, DAN ALKOHOL-GLISEROL UNTUK DETEKSI IMNV DENGAN PCR

Abstract

Salah satu kunci keberhasilan pemeriksaan virus dan patogen lain pada udang dan ikan adalah penanganan sampel secara benar. Deteksi RNA untuk virus IMNV dengan PCR sangat dipengaruhi oleh proses preservasi, karena RNA cenderung tidak stabil dan mudah terdegradasi sehingga dapat mengurangi sensitivitas diagnosa dengan PCR. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui dan membandingkan penggunaan jenis-jenis preservasi RNA jaringan untuk keperluan diagnosa dengan PCR. RNA jaringan berasal dari jaringan udang yang terinfeksi IMNV. Insang atau pleopoda dari udang dipreservasi dengan tiga jenis bahan pengawet, yaitu alkohol 90%, alkohol - gliserol dengan perbandingan 80% dan 20%, dan RNA LATER, kemudian dilakukan pengamatan dengan deteksi PCR selama 1 tahun. Dari hasil penelitan menunjukkan bahwa jaringan yang dipresevasi dengan RNA LATER setelah diuji PCR menghasilkan band yang cenderung stabil dibandingkan dengan preservasi alkohol, dan alkohol-gliserol.

One of the key success in detecting viruses and other pathogenic organisms in shrimp and fish is the correct handling of samples. RNA virus detection for IMNV with PCR process is strongly influenced by preservative process, because RNA is unstable and easily to degrade so that it can reduce the sensitivity of PCR diagnosis. The objective of this research was to determine and compare types of preservatives used for PCR diagnostic. RNA was derived from shrimp infected IMNV. Gill or pleopoda of shrimp was preserved with three types of preservative which were 90% Alcohol, alcohol - glycerol with ratio of 80% and 20%, and RNA LATER, and then observed using PCR analysis several times for over one year. The results of the research indicates that the tissue preserved in RNA Later, resulted more stable band compared to alcohol, and alcohol-glycerol in PCR analysis.