DNA BARCODING IKAN HIAS INTRODUKSI

Melta Rini Fahmi, Ruby Vidia Kusumah, Idil Ardi, Shofihar Sinansari, Eni Kusrini

Abstract


Identifikasi spesies menjadi tantangan dalam pengelolaan ikan hias introduksi baik untuk tujuan budidaya maupun konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi molekuler ikan hias introduksi yang beredar di pembudidaya dan pasar ikan hias Indonesia dengan menggunakan barcode DNA gen COI. Sampel ikan diperoleh dari pembudidaya dan importir ikan hias di kawasan Bandung dan Jakarta. Total DNA diekstraksi dari jaringan sirip ekor dengan menggunakan metode kolom. Amplifikasi gen target dilakukan dengan menggunakan primer FishF1, FishF2, FishR1, dan FishR2. Hasil pembacaan untai DNA disejajarkan dengan sekuen yang terdapat pada genbank melalui program BLAST. Identifikasi dilakukan melalui kekerabatan pohon filogenetik dan presentasi indeks kesamaan dengan sekuen genbank. Hasil identifikasi menunjukkan sampel yang diuji terbagi menjadi lima grup, yaitu: Synodontis terdiri atas lima spesies, Corydoras: empat spesies, Phseudoplatystoma: tiga spesies, Botia: tiga spesies, dan Leporinus: tiga spesies dengan nilai boostrap 99-100. Indeks kesamaan sekuen menunjukkan sebanyak 11 spesies memiliki indeks kesamaan 99%-100% dengan data genbank yaitu Synodontis decorus, Synodontis eupterus, Synodontis greshoffi, Botia kubotai, Botia lohachata, Rasbora erythromicron, Corydoras aeneus, Gyrinocheilus aymonieri, Eigenmannia virescens, Leporinus affinis, Phractocephalus hemioliopterus. Dua spesies teridentifikasi sebagai hasil hibridisasi (kawin silang) yaitu Leopard catfish (100% identik dengan Pseudoplatystoma faciatum) dan Synodontis leopard (100% identik dengan Synodontis notatus). Hasil analisis nukleotida penciri diperoleh tujuh nukleotida untuk Synodontis decora, 10 nukleotida untuk Synodontis tanganyicae, 13 nukleotida untuk Synodontis euterus, empat nukleotida untuk Synodontis notatus, dan 14 untuk Synodontis grashoffi. Kejelasan identifikasi spesies ikan menjadi kunci utama dalam budidaya, perdagangan, manajemen, konservasi, dan pengembangan ilmu pengetahuan.

Species identification becomes a new challenge in the management of ornamental fish either for cultivation, or for conservation proposes. The objective of this study was to identify currently existing introduced ornamental fish in Indonesian farmers and markets using DNA barcodes COI gene. Fish samples were collected from farmers and importers of ornamental fish in Bandung and Jakarta. Total genome was extracted from caudal fin tissue using the column method. Amplification of the target gene was done by using FishF1, FishF2, FishR1, and FishR2 primers. DNA sequence was aligned with the sequences from genbank by BLAST program. Species identification was decided through the phylogenetic tree and similarity index with genbank sequences. The results showed that all of tested samples fall into five groups; Synodontis consisted of five species, Corydoras four species, Phseudoplatystoma four species, Botia three species, and Leporinus three species with 99-100 boostrap value. Sequence similarity index showed around 11 species have 99%-100% similarity index with sequence data on genbank which are Synodontis decorus, Synodontis eupterus, Synodontis greshoffi, Botia kubotai, Botia lohachata, Rasbora erythromicron, Corydoras aeneus, Gyrinocheilus aymonieri, Eigenmannia virescens, Leporinus affinis, Phractocephalus hemioliopterus. Two species were identified as hybridization product (interbreeding) including leopard catfish (100% identical with Pseudoplatystoma faciatum) and the leopard Synodontis (100% identical with Synodontis notatus). Analysis of nucleotide diagnostic showed Synodontis decora has seven nucleotides diagnostic, Synodontis tanganyicae 10 nucleotides, Synodontis euterus 13 nucleotides,  Synodontis notatus four nucleotides, and Synodontis grashoffi 14 nucleotides. The correct identification of fish species is a useful tool for aquaculture, global marketing, management or conservation, and academic/scientific purpose.


Keywords


ikan introduksi; DNA barcoding; BLAST; invasive alien species (IAS); introduction fish; DNA barcoding; BLAST; invasive alien species (IAS)

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.15578/jra.12.1.2017.29-40


Lisensi Creative Commons
Jurnal Riset Akuakultur is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
View My Stats
E-ISSN 2502-6534