DUPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION UNTUK DETEKSI SIMULTAN KOI HERPESVIRUS DAN Aeromonas hydrophila PADA IKAN MAS (Cyprinus carpio)

Abstract

Koi herpesvirus (KHV) dan Aeromonas hydrophila adalah patogen yang dapat mengkoinfeksi ikan mas secara bersamaan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode duplex polymerase chain reaction (dPCR), deteksi simultan untuk diagnosis KHV dan bakteri Aeromonas hydrophila pada ikan mas. Dua pasang primer yang menargetkan sekuen spesifik SphI dan gen aerolisin, yang sering digunakan untuk mendeteksi KHV dan A. hydrophila dalam uji reaksi tunggal PCR dan menghasilkan target pita PCR 290 bp dan 417 bp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode duplex PCR dapat mendeteksi ganda infeksi KHV dan A. hydrophila pada ikan mas dan metode ini lebih efektif mendeteksi dua patogen secara bersamaan dalam satu reaksi PCR pada suhu pradenaturasi, 94°C selama dua menit, denaturasi pada suhu 95°C selama satu menit, annealing pada suhu, 55°C selama satu menit, dan 72°C selama satu menit, dengan 30 siklus amplifikasi dan final extention pada suhu 72°C selama lima menit. Metode dPCR untuk deteksi simultan kedua patogen adalah salah satu metode yang dapat diaplikasikan untuk deteksi koinfeksi virus dan bakteri dalam satu reaksi PCR.

Koi herpesvirus (KHV) and Aeromonas hydrophila are pathogens that can co-infect common carp. This study aimed to develop a duplex polymerase chain reaction (dPCR) method to detect KHV and Aeromonas hydrophila in common carp simultaneously. Two pairs of primers targeted the specific sequences of SphI and aerolysin genes, often used in detecting KHV and A. hydrophila, in a single PCR reaction test and produced target bands of PCR 290 bp and 417 bp. This proposed method was more effective in simultaneously detecting the two pathogens in one PCR reaction at pre-naturation temperature of 94°C for two minutes, denaturation at 95°C for one minute, annealing at temperature, 55°C for one minute, and 72°C for one minute, with 30 cycles of amplification and final extension at 72°C for five minutes. The findings showed that the duplex PCR method could be used to double detect KHV and A. hydrophila infection in common carp. The duplex PCR method for simultaneous detection of both pathogens is one method that can be applied for the detection of co-infection of viruses and bacteria in a PCR reaction.