OPTIMASI PERFORMA DNA MARKER PADA ELEKTROFORESIS GEL

Abstract

Elektroforesis adalah pemisahan komponen bermuatan listrik berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam suatu medan listrik. Elektroforesis terutama digunakan untuk mengamati hasil dari DNA (deoxyribonucleic acid) yang diamplifikasi. Untuk memudahkan pembacaan ukuran DNA target dalam elektroforesis diperlukan adanya DNA marker. Kendala-kendala penggunaan DNA maker dalam elektroforesis di antaranya adalah separasi fragmen DNA marker yang kurang sempurna, fragmen yang tipis atau kurang tegas dan bentuk fragmen yang tidak lurus, sehingga menyulitkan pembacaan. Oleh karena itu, perlu dilakukan uji coba dengan memberikan perlakuan beberapa faktor yang memengaruhi hasil elektroforesis untuk mengetahui komposisi yang tepat agar diperoleh performa fragmen DNA marker yang optimum. Kegiatan optimasi performa DNA marker ini dilakukan dengan cara memasukkan sampel DNA marker dengan volume 0,50 µL; 0,75 µL; 1,00 µL; 1,25 µL; dan 1,50 µL ke dalam sumur-sumur gel agarosa 2% yang telah diwarnai peqGREEN dengan konsentrasi 60.000x in water (0,5 µL/30 mL), 40.000x in water (0,75 µL/30 mL), 30.000x in water (1 µL/30 mL), dan 24.000x in water (1,25 µL/30 mL), kemudian dilakukan elektroforesis pada arus listrik 400 mA dengan tegangan listrik 80 volt selama 30 menit, 70 volt selama 45 menit, dan 60 volt selama 60 menit. Hasil uji coba ini menunjukkan bahwa volume optimum DNA marker yang dapat menghasilkan visualisasi fragmen-fragmen DNA secara jelas berkisar 0,75-1,25 µL. Pewarna peqGREEN dengan konsentrasi 60.000x in water sudah dapat mewarnai fragmen DNA dengan jelas. Separasi antar-fragmen DNA terlihat jelas dan tegas pada saat elektroforesis dilakukan dengan tegangan listrik 70 volt selama 45 menit dan 60 volt selama 60 menit.