DETEKSI VIRUS KOI HERPES MENGGUNAKAN METODE LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION (LAMP) DAN QUANTITATIVE-POLYMERASE CHAIN REACTION (q-PCR)

Abstract

Infeksi virus Koiherpes (KHV) atau Cyprinid herpes virus-3 (CyHV-3) pada ikan mas dan koi sampai saat ini masih menjadi kendala yang menimbulkan kerugian besar pada budidaya ikan konsumsi dan hias tersebut di seluruh dunia termasuk Indonesia. Kecepatan diagnosis penyakit memegang peranan penting dalam penanggulangan kasus wabah penyakit. Metode real-time/quantitative PCR (q-PCR) dan LAMP (Loop Mediated Isothermal Amplification) saat ini telah banyak dimanfaatkan untuk mendeteksi patogen. Metode q-PCR memiliki keunggulan karena lebih sensitif, spesifik, cepat, dengan standarisasi mudah serta dapat digunakan untuk pengukuran kuantitatif. Metode LAMP dapat mengamplifikasi DNA target dengan spesifisitas tinggi, efisien dan cepat sehingga cocok menjadi metode skrining patogen di lapangan. Tujuan penelitian ini adalah melakukan analisa menggunakan metode LAMP dan q-PCR untuk mendeteksi Koi herpesvirus yang diinfeksikan pada kultur sel KF-1. DNA diisolasi dan dianalisa menggunakan kedua metode tersebut. Analisa qPCR menggunakan primer mix Sph I-5 dan standard berasal dari plasmid. Sedangkan analisa LAMP menggunakan beberapa primer (FIP, BIP, F3 dan B3). Hasil analisa metode LAMP dan q-PCR menghasilkan positif KHV pada sampel supernatan kultur sel yang diinokulasi virus. Analisa kuantitatif dengan q-PCR memperlihatkan jumlah virus tertinggi (hingga lebih dari satu juta copy DNA) pada H7 dan H9 post-infeksi.