DETEKSI DINI VIBRIOSIS PADA AIR DAN SEDIMEN TAMBAK

Abstract

Deteksi dini vibriosis secara molekuler dapat memberikan informasi yang lebih akurat adanya ancaman serangan Vibrio patogen sebelum jumlahnya mencapai quorum. Deteksi dini Vibriosis pada air dan sedimen tambak mengalami hambatan pada proses ekstraksi genom bakteri. Proses ekstraksi genom bakteri Vibrio patogen dari air dan sedimen memerlukan metode spesifik yang dapat mengekstrak genom dalam jumlah sedikit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan metode deteksi dini secara molekuler untuk mendeteksi Vibrio patogen pada air dan sedimen tambak. Tahapan penelitian diawali dengan menginfeksikan biakan bakteri V. harveyi patogen ke dalam media air dan sedimen tambak yang telah disterilkan. Konsentrasi bakteri di dalam media uji diatur pada kepadatan 102, 103, 104, 105, 106, dan 107 CFU/mL. Setiap perlakuan diulang tiga kali. Sampling dilakukan pada hari ke-2, 6, dan 9 setelah infeksi. Metode ekstraksi yang digunakan adalah metode Kit Mo Bio yang dilanjutkan dengan amplifikasi DNA dengan metode PCR menggunakan primer spesifik IAVh. Dari hasil elektroforesis diketahui bahwa genom Vibrio patogen hasil ekstraksi dari sampel air tambak hanya terlihat pada kepadatan bakteri > 105 CFU/mL sedangkan genom Vibrio patogen tidak terdeteksi dari sampel sedimen pada semua perlakuan. Tingkat kesulitan ekstraksi DNA dari sampel sedimen semakin meningkat seiring dengan semakin tingginya konsentrasi bakteri. Namun pada elektroforesis hasil PCR terlihat adanya pita DNA pada hampir semua sampel yang diuji baik dari air maupun sedimen. Hasil ini menunjukkan kemampuan primer IAVh mendeteksi Vibrio patogen pada sampel air dan sedimen tambak dengan kepadatan bakteri berbeda.