KERAGAMAN GENETIK FITOPLANKTON Chaetoceros spp. BERDASARKAN SEKUEN 16S-rRNA

Abstract

Analisis sekuen 16S rRNA merupakan salah satu metode yang telah banyak digunakan untuk mengidentifikasi keragaman organisme pada level molekuler, termasuk fitoplankton. Penelitian bertujuan untuk melakukan identifikasi keragaman genetik beberapa jenis Chaetoceros spp. yang selama ini digunakan dan dikoleksi di Instalasi Perbenihan Balai Penelitian dan pengembangan Budidaya Air Payau (BPPBAP) di Barru. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi BPPBAP Maros. Bahan-bahan yang digunakan meliputi beberapa jenis Chaetoceros koleksi di laboratorium kultur BPPBAP Maros. Kegiatan dilakukan dengan beberapa tahapan, yakni (1) ekstraksi DNA yang dilakukan dengan metode fenol kloroform yang telah dikembangkan untuk ikan kerapu; (2)amplifikasi DNA dengan PCR; dan (3) analisis sekuen DNA hasil PCR. Keberhasilan ektraksi dan amplifikasi PCR dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa. Amplifikasi DNA dilakukan dengan teknik PCR menggunakan primer spesifik yang telah dirancang dengan target gen penyandi 16S-rRNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi Chaetoceros yang diuji terbagi menjadi 2 kelompok (kluster) utama yaitu kluster pertama yang terdiri atas C. amami dan C. gracilis, dan kluster kedua yaitu C. calcitran, C. ceratos, dan C. simplex.