OPTIMALISASI TEMPLAT DNA GENOM UDANG GALAH, Macrobrachium rosenbergii DALAM PROSES PCR-RAPD

Abstract

Keberhasilan analisis RAPD-PCR sangat dipengaruhi oleh beberapa faktor, di antaranya karakteristik templat DNA genom yang meliputi kemurnian, konsentrasi, dan ukuran templat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui konsentrasi dan ukuran templat DNA genom udang galah yang optimal untuk analisis RAPD. Optimalisasi konsentrasi dilakukan dengan menguji sampel-sampel dengan konsentrasi tamplat yang berbeda yaitu  5 ng, 10 ng, 50 ng, 100 ng, 500 ng, 1.000 ng, dan 2.000 ng per reaksi PCR. Optimalisasi ukuran templat DNA dilakukan dengan menguji sampel-sampel DNA genom yang komposisi ukurannya bervariasi, yaitu templat dengan berat molekul tinggi (1), templat dengan berat molekul rendah (2) dan templat yang memiliki kombinasi berat molekul tinggi dan rendah (3). Hasil analisis menunjukkan adanya tingkat konsentrasi dan komposisi templat DNA genom yang optimal untuk menghasilkan profil RAPD udang galah yang konsisten. Konsentrasi DNA 500 ng/reaksi mampu menghasilkan amplifikasi DNA yang optimal, sedangkan pada konsentrasi rendah (5 ng) dan tinggi (2.000 ng) tidak menghasilkan band DNA. Selain itu, pita-pita RAPD yang konsisten diperoleh apabila templat yang digunakan merupakan templat yang memiliki berat molekul tinggi. Templat dengan berat molekul rendah tidak dapat diamplifikasi sedangkan templat DNA dengan komposisi campuran dapat diamplifikasi tetapi tidak konsisten.