KERAGAMAN GENETIK BENIH IKAN KERAPU SUNU, Plectrophomus leopardus TURUNAN PERTAMA (F1) DENGAN ANALISIS RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) MT-DNA

Gusti Ngurah Permana, Sari Budi Sembiring, Ahmad Muzaki, Haryanti Haryanti

Abstract


Tingginya variabilitas ukuran benih merupakan salah satu kendala yang dihadapi pada perbenihan ikan kerapu sunu. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi keragaman genetik benih ikan kerapu sunu yang terekspresi pada benih ukuran besar, sedang, dan kecil dan untuk mengetahui adannya perbedaan genetik dari masing-masing ukuran tersebut. Amplifikasi pita tunggal menggunakan primer 16 SrDNA (F) 5’CGCCTGTTTAACAAAAACAT-3’ dan (R): 5’-CCGGTCTGAACTC AGATCATGT-3’. Hasil penelitian ini diketahui panjang pita mt-DNA sekitar 625 bp. Endonuklease restriksi menggunakan enzim Mnl I menghasilkan pita yang polimorfik pada benih ukuran besar, sedangkan ukuran sedang dan kecil monomorfik. Dua komposit haplotipe 16SrDNA ditemukan pada benih yang berukuran besar yaitu ABABB dan ABAAB. Kedua tipe komposit haplotipe hanya dimiliki oleh ikan yang mempunyai ukuran besar sedangkan ikan yang mempunyai ukuran sedang dan kecil hanya memiliki komposit genotip ABABB. Nilai heterosigositas untuk benih dari Bali yang mempunyai ukuran besar (0,480), sedang (0,000), dan kecil (0,000). Heterosigositas benih dari Jawa Timur yang mempunyai ukuran besar (0,211), sedang (0,000), dan kecil (0,000). Sedangkan sampel dari Lampung untuk semua ukuran monomorfik (0,000).
The variability of differences size was occurred on every culture period of coral trout. The aimed of this study was to know genetics variability and evaluated of which are expressed on large, medium, and small size fry on total of length sizes and different weight. Amplification of single fragment using set primer 16 SrDNA (F)5’CGCCTG TTTAACAAAAACAT-3’ and reverse (R): 5’-CCGGTCTGAACTCAGATCATGT-3’. Result showed that PCR amplification of mt-DNA was 625 bp. Restriction digestion processed with Mnl I enzyme showed that polymorphism in large size and monomorphic in both medium and small sizes. Two types of haplotype were found in large size (ABABB and ABAAB) while one haplotype observed in medium and small sizes ABABB. The heterozygosities value of large, medium and small sizes from Bali location were 0.480, 0.000, and 0.000 restectively. Heterozygosities value of samples from East Java were 0.211, 0.000, and 0.000 restectively. Samples from Lampung were monomorphic (0.000).



Keywords


amplification; coral trout; genetic variability; PCR; polymorphism

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.15578/jra.2.2.2007.187-197


Lisensi Creative Commons
Jurnal Riset Akuakultur is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
View My Stats
p-ISSN 1907-6754
e-ISSN 2502-6534


Find in a library with WorldCatCrossref logoSHERPA/RoMEO LogoHasil gambar untuk isjdgoogle scholardoaj