APLIKASI METODE PCR YANG DIMODIFIKASI UNTUK KEPENTINGAN DIAGNOSA STREPTOCCOCIS

Abstract

Bakteri merupakan salah satu penyebab penyakit pada ikan selain parasit dan virus. Walaupun tidak menimbulkan kematian massal namun keberadaan penyakit bakterial sangat merugikan kegiatan budidaya ikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh metode aplikasi yang mudah dan cepat untuk mendiagnosa penyakit bakterial khususnya yang disebabkan oleh infeksi Streptococcus iniae. Penelitian ini telah dilaksanakan melalui beberapa tahapan yaitu: (1) Karakterisasi biokimia S. iniae. (2) Uji PCR menggunakan primer universal 16S rRNA dan primer spesifik LOX-1 dan LOX-2 S. iniae. Hasil riset menunjukkan bahwa isolat dari Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar (BRPBAT), Bogor dan isolat dari Laboratorium Riset Kesehatan Ikan (LRKI), Jakarta hasil uji PCR dengan 16S rRNA adalah positif sedangkan dengan primer LOX-1 dan LOX-2 hasilnya negatif untuk isolat S. iniae BRPBAT dan positif untuk isolat LRKI. Dengan uji PCR, diagnosa penyakit bakteri lebih cepat, spesifik, dan sensitif serta lebih akurat dibandingkan dengan karakterisasi secara biokimia yang membutuhkan waktu 2-3 hari untuk identifikasi.

Bacterial diseases has become an important diseases that have to be faced by aquaculturist. Even though unlike parasites, viral and bacterial diseases have caused fish farmers suffered great losses. The aim of the research was to develop a rapid detection method for bacterial disease especially for detecting Streptococcus iniae. The research was done in several steps which were (1) Biochemical characterization (2) PCR assay using universal primer for S. iniae 16S rRNA and specific primer LOX-1 and LOX-2. The results showed that based on biochemical characterization, the isolate was belonged to S. iniae. PCR assay of isolate collected from the Research Institute for Freshwater Aquaculture (RIFA) Bogor and isolate from the Research Laboratory for Fish Health (RLFH) with 16S rRNA were positive. However, RIFA isolate  was negative and RLFH isolate was positive for S. iniae tested using LOX-1 and LOX-2. The PCR assays offers more faster, specific, sensitive and accurate in identifying bacterial diseases compared to biochemical characterization that needs up to 3 days or more for bacterial identification.