ISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN PENYANDI PROTEIN VP-24 WSSV PADA UDANG WINDU (Penaeus monodon) UNTUK PENGEMBANGAN TEKNOLOGI RNAi

Abstract

Gen penyandi protein struktural VP-24 WSSV merupakan gen yang mengkode salah satu sifat dari protein struktural utama yang berada di lapisan perantara (intermediet) virus. Tujuan dari penelitian ini untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi protein struktural VP-24 WSSV yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Genom DNA WSSV diisolasi dari kaki renang dan kaki jalan udang windu menggunakan kit IQ 2000 dengan metode ekstraksi DTAB-CTAB. Gen tersebut diisolasi dari udang windu yang positif terserang WSSV menggunakan primer VP-24 dan VP24-R dan dilanjutkan dengan sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis menggunakan program Genetyx Versi 7 dan BLAST-N. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen penyandi VP-24 WSSV berhasil diisolasi dari udang windu dengan panjang sekuen sekitar 641-648 bp. Hasil alignment dengan BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang identik (99%100%) antara gen VP-24 yang diisolasi dengan gen VP-24 yang ada di data base Bank Gen. Dari hasil ini disimpulkan bahwa fragmen DNA hasil amplifikasi PCR tersebut merupakan sekuens gen penyandi protein struktural VP-24 WSSV. Gen ini diyakini mampu mengkode karakter penting penyakit WSSV yang utama yaitu VP-24.