STATUS GENETIK IKAN LELE MUTIARA BERDASARKAN SEKUEN GEN Cytochrome C Oxidase Subunit I (COI)

Abstract

Ikan lele Mutiara merupakan salah satu strain unggul hasil pemuliaan di Indonesia. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mempelajari status genetik ikan lele Mutiara (Clarias sp.) dari variasi sekuen parsial gen COI dari mitokondria. Ikan uji yang digunakan berupa 15 ekor ikan lele Mutiara. DNA genom ikan lele Mutiara diekstraksi dari sirip ekor, kemudian fragmen DNA diamplifikasi dengan primer spesifik COI dan selanjutnya dilakukan sekuensing. Hasil sekuens yang diperoleh kemudian dianalisis estimasi substitusi nukleotida, pohon filogenik, estimasi jarak genetik, dan komposisi asam amino residu dengan membandingkan data hasil sekuens dari ikan lele C. macrocephalus, C. batrachus, C. fuscus. dan C. gariepinus yang tersedia di database GenBank. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa ikan lele Mutiara terpisah dengan kelompok ikan lele yang lain. Parameter lainnya memperkuat analisis sebelumnya bahwa ikan lele Mutiara tidak hanya memiliki perbedaan genetis dengan spesies ikan lele lainnya, tetapi juga dengan jenis ikan lele Afrika (C. gariepinus).

Mutiara catfish is one of the superior strains resulting from breeding program in Indonesia. This study aims to assess the genetic status of the Mutiara catfish (Clarias sp.) by looking at the diversity in the partial sequence of mitocondrial COI gene and to add genetic data of economically important freshwater fish in Indonesia. The sample fish used were a collection of 15 Mutiara catfish. Data analysis consisted of estimation of nucleotide substitution, phylogenetic tree, estimation of genetic distance, and amino acid composition by comparing secondary data from sequences of C. macrocephalus, C. batrachus, C. fuscus. and C. gariepinus wich was available at Genbank NCBI. The results of the phylogenetic tree analysis showed that Mutiara catfish were separated from other catfish groups. Other parameters also show that Mutiara catfish not only have genetic differences with other Clarias species, but also with C. gariepinus there are also genetic differences.